विशेष आर्थिक क्षेत्रको समुचित सञ्‍चालन, नियमन र विकासका सम्बन्धमा नेपाल सरकारले प्राधिकरणलाई आवश्यक निर्देशन दिन सक्नेछ र त्यस्तो निर्देशनको पालन गर्नु प्राधिकरणको कर्तव्य हुनेछ ।